Giovanni nacque a Santa Maria in Cassiano, oggi Montecassiano in provincia di Macerata, il 15 luglio 1552 o forse 1555, dato che i fogli parrocchiali del tempo riportano i dati di nascita con una certa approssimazione.
È il secondo figlio, dopo la primogenita Beatrice, dei quattro di Francesco Niccolucci e Francesca Piccinotti. Seguiranno la nascita di Giovanni, Olimpia ed il piccolo Pietr’Angelo. Francesco viene da una buona famiglia, anche se ormai decaduta, di S. Severino Marche e fa il falegname, Francesca è di Montecassiano.
La famiglia è modesta, ma pia e serena e l’infanzia di Giovanni trascorre tranquillamente, fino alla morte del padre. Giovanni ha solo tredici anni e deve affrontare, poco dopo, anche la perdita della madre, morta nel dare alla luce l’ultimo bambino. Beatrice, già sposata, accoglie i fratelli Olimpia e Pietr’Angelo, Giovanni viene adottato da Bartolomeo Quattrini, un benestante della cittadina, commosso ed ammirato dal giovanissimo orfano, che vende tutto ciò che rimane dei beni familiari per saldare i molti debiti che Francesco aveva contratto.
Il ragazzo frequenta la chiesa di S. Marco e presto scopre la sua vocazione, nel 1570 viene accolto nell’Ordine Agostiniano e nel 1576 viene ordinato sacerdote. Giovane prelato, rimane un anno a Montefortino, poi iniziano i viaggi legati agli studi accademici superiori.
È a Fermo per dedicarsi alla Filosofia, gli studi teologici lo portano a Venezia, Rimini e Padova e presto si distingue per umiltà e rigore, nonostante divenga velocemente lettore di Teologia in sedi culturali prestigiose.
Il cammino di Padre Giovanni rientra nel 
